Thomas Jefferson rời khỏi chức vụ Tổng thống vào năm 1809, khi 65 tuổi. Ông đã cảm thấy tự do khi dùng thời giờ cho các bạn bè, sách vở, thư từ, đất đai và để vun trồng "các sự theo đuổi trầm lặng của Khoa học". Ông đã viết: "Không một người tù nào cảm thấy nhẹ nhàng hơn tôi khi tôi trút được gánh nặng quyền lực". Ông đã trải qua 15 năm cuối của cuộc đời, góp công vào việc thành lập Đại học Virginia (UVA) tại thành phố Charlottesville, khai trương vào năm 1825.

Ông qua đời vào ngày 4 tháng 7 năm 1826, hưởng thọ 83 tuổi, đúng 50 năm sau ngày Tuyên bố độc lập của Hoa Kỳ. Ông mất vài giờ trước bạn cũ và cũng là đối thủ chính trị của ông, John Adams. Lời hấp hối của John Adams là "Độc lập muôn năm", và "Thomas Jefferson vẫn sống".[63][64][65]

HERE WAS BURIED THOMAS JEFFERSON
AUTHOR OF THE DECLARATION OF AMERICAN INDEPENDENCE
OF THE STATUTE OF VIRGINIA FOR RELIGIOUS FREEDOM
AND FATHER OF THE UNIVERSITY OF VIRGINIA.

Tuy Jefferson là một người giàu có, ông thường gặp nhiều vấn đề tài chính, và khi qua đời vẫn còn ôm nợ. Ông phải vay nợ trong suốt cuộc đời mình, trong đó có cả trách nhiệm kế thừa một khoản nợ từ cha vợ.[66] Nguồn thu nhập chính từ đồn điền không đủ sống và cho đến cuối cuộc đời, ông nợ nhiều đến nỗi phải đệ đơn lên bang Virginia xin bán đấu giá đất tư của ông, nhưng chính phủ tiểu bang từ chối.[67] Chỉ sau khi ông chết, bất động sản cũng ông mới được đấu giá để trả nợ và con gái của ông thì phải sống nhờ quỹ từ thiện.